Die Option gilt pro Laufzeit. Wurde ein PHP-Script fertig ausgeführt, so wird die Laufzeit beendet. Wird ein Script aufgerufen, wird eine neue begonnen.
Die Ausführung von Scripten mit PHP basiert generell auf dem Prinzip, dass die Laufzeiten sich nicht gegenseitig beeinflussen und demnach unabhängig voneinander sind. Was du in der einen Laufzeit anstellst, hat keinen direkten Einfluss auf eine andere.