Also, was hier passiert ist, dürfte klar sein: ISO-8859-1-Bytefolgen sind aus irgendeinem Grund in einer Spalte gelandet, die als UTF-8 ausgewiesen ist. (In den beiden Kodierungen sind beispielsweise Umlaute binär unterschiedlich repräsentiert.)
Es gibt übrigens Möglichkeiten in MySQL, die „binäre Kodierung“ unabhängig von der Collation umzuwandeln. Ich habe das irgendwann mal rausgesucht, finde es aber gerade nicht. Bei Bedarf bitte melden.
Aber wie das passiert ist, würde mich schon interessieren. Hat da zufällig jemand ein Szenario im Kopf? Ich bin leider nicht dazu gekommen, wirklich rumzuprobieren, glaube aber, dass MySQL beim Ändern der Collation clever genug ist, umzukodieren.